Serviço de Sequenciação Massiva

A última década trouxe mudanças no que podemos definir como o Gold Standard para sequenciação de ADN/ARN. Com mais de uma década de experiência em Next Generation Sequencing, a STAB VIDA oferece o melhor valor possível no que diz respeito à tecnologia NGS. Temos capacidade de realizar o seu projeto de sequenciação com o mais elevado nível de confiança e sempre oferecendo apoio personalizado ao cliente.

Experimente as nossas estratégias para sequenciar Genomas, Exomas, Transcriptomas, Metagenomas, etc. Ao recorrer à sequenciação massiva, desfrute da possibilidade de produzir milhões de leituras de sequenciação, com ou sem análise bioinformática respondendo a todas as suas perguntas por um preço justo.

Na STAB VIDA oferecemos serviços de NGS, recorrendo a diferentes plataformas: Illumina® Novaseq ou MiSeq®, para prestar um serviço adequado às suas necessidades. Além disso, oferecemos ainda a possibilidade de análises de bioinformática dos seus resultados de sequenciação.

Caso precise auxilio na elaboração do seu projeto, contacte-nos por email (sales@stabvida.com) e a nossa equipa de especialistas irá ajudá-lo(a) a definir a melhor abordagem para a obtenção dos resultados que pretende para o seu projeto, ajustando o preço às suas necessidades. Por outro lado se já tiver o seu projeto bem definido e o que pretende é um orçamento oficial, faça um login no nosso site e solicite um pedido de orçamento na secção NGS, elegendo a opção de serviço que pretende.

NGS team Obterá milhões de sequências para cada uma das suas amostras em poucos dias.

METAGENÓMICA/METABARCODING

A sequenciação targets do RNA ribossomal 16s/ITS constitui um método de sequenciação de amplicões bem estabelecido que é utilizado para identificar e comparar bactérias e fungos. Este é um método de excelência para comparação de filogenia e taxonomia de microbiomas ou ambientes complexos. Alvos adicionais, como 18S, CO1, etc. podem ser usados para caracterizar outras espécies.

O nosso protocolo standard 16S amplifica a região variável V3-V4 usando os primers:

• 341F - CCTACGGGNGGCWGCAG

• 785R - GACTACHVGGGTATCTAATCC

O nosso protocolo standard ITS amplifica a região variável ITS1 usando os primers:

• ITS1f - CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA

• ITS2 - GCTGCGTTCTTCATCGATGC

Seja com os nossos targets padrão ou personalizados, podemos ajudá-lo a obter o máximo de informação possível das suas amostras, através do nosso serviço de análise bioinformática baseado em QIIME2

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SEQUENCIAÇÃO DE RNA

A Sequenciação de RNA (RNA-seq) permite a deteção e identificação de moléculas transcritas. Analise transcriptomas completos para estudar a determinado padrão de expressão genética ou descobrir marcadores. O RNA-seq não requer conhecimento prévio de sequências genéticas. Obtenha uma cobertura completa da transcriptoma e encontre ainda informações estruturais e acerca eventos alternativos de splicing.

mRNA-Seq

A biblioteca mRNA-Seq baseia-se em enriquecimento de mRNA Poli-A. O enriquecimento poli-A proporciona uma opção altamente sensível para a deteção de transcritos em amostras sem degradação.

Transcriptoma completo

A biblioteca de transcriptoma completo é baseada na depleção de RNA ribossomal, enriquecendo a amostra tanto em mRNA como em RNAs não codificantes. Esta estratégia de depleção de rRNA é ideal para amostras que apresentam um grau moderado de degradação.

Small RNA

Os métodos de preparação baseados em enriquecimento Poli-A e transcriptoma completo não permitem uma avaliação adequada de Small RNAs, que requerem um protocolo de preparação de amostras específico, seguido de uma size selection adequada. Deste forma conseguimos oferecer um serviço completo de descoberta e profiling de Small RNAs.

Os dados RNAseq podem então servir múltiplos propósitos, sendo o nosso serviço padrão de análise de bioinformática adequado para caracterizar a expressão génica e expressão diferencial de genes.

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Sequenciação de Genomas Completos

Espécie Única/Amostra Pura

A Whole Genome Sequencing (WGS) é um método completo para analisar genomas inteiros, capaz de permitir uma análise abrangente de estrutura e variantes presentes no genoma. Os dados do WGS podem ser adequados para diferentes abordagens: assemblagem de novo, anotação ou mapeamento com referência e deteção de variantes, dependendo do objetivo do estudo.

Metagenomics do genoma inteiro (WGM)

A Whole Genome Metagenomics (WGM), ou Sequenciação Metagenómica Shotgun, é uma poderosa abordagem de sequenciação que providencia uma visão sobre toda a biodiversidade e funções dos organismos presentes numa amostra. Em última análise, a WGM busca a sequenciação de todos os genomas presentes nas amostras.

Handling all the generated information can be a challenge, so you can also take advantage of our bioinformatics analysis service to help you make the most of your data.

Sequenciação de Exomas Completos

A Whole Exome Sequencing (WES) pretende sequenciar especificamente as regiões exónicas do genoma. Apesar de constituírem aproximadamente apenas 1% do genoma humano, a maioria das variantes relacionadas com doenças ocorrem dentro das regiões codificantes do genoma. Com a WES, conseguimos detetar variantes com alta confiança e explorar o que significam, seja através da comparação com bases de dados apropriadas ou com análises preditivas.

Para tal, pode utilizar o nosso serviço de bioinformática, que vai desde o mapeamento com a referência até à deteção e anotação variantes com várias bases de dados.

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Projetos Costumizados

Run Only

O nosso Serviço Run Only é projetado para clientes que preferem preparar as suas próprias bibliotecas e desta forma ter um maior controlo de todo o processo, ou que pretendem preparar bibliotecas utilizando workflows costumizados.

Epigenética

A metilação do ADN constitui um importante mecanismo epigenético capaz de influenciar a expressão génica e a estrutura da cromatina. O estudo destes mecanismos detém particular relevância pois a desregulação da metilação se encontra intimamente associada com múltiplas doenças. Por forma a permitir este estudo, a STABVIDA oferece serviços de:

• Whole Genome Enzymatic Methylation Sequencing (WGEMS) – Permite detectar padrões de metilação citosina ao longo de todo o genoma, incluindo cpG, CHH e CHG.

• Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) - Consiste numa forma de sequenciar apenas regiões do genoma ricas em CpG, através da digestão com enzimas restrição.

A sequenciação de cromatina imunoprecipitada (ChIP-seq), é um método que permite analisar interacções entre proteínas e DNA. Com o nosso serviço de ChIP-seq poderá detectar de forma eficiente e precisa de locais de ligação de proteínas de interesse, sobretudo factores de transcrição e outras proteínas associadas à cromatina.

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SEQUENCIAÇÃO DE PLASMÍDEOS E DNA MITOCONDRIAL

Obtenha as sequências dos seus plasmídeos e dos seus DNAs mitocondriais em 72h com 100X ou 200X de cobertura.

Os plasmídeos são ferramentas essenciais utilizadas na engenharia genética, para a transformação genética e manipulação genética de células procariotas e eucariotas. São muito valiosas quando se trata da síntese em grande escala de proteínas de interesse (por exemplo, insulina ou antibióticos).

A sequenciação de DNA mitocondrial é uma ferramenta útil para o estudo de certos tipos de cancro, envelhecimento, genética de populações e avaliação de biodiversidade. Utilize ainda o nosso serviço para descobrir as mutações heteroplásmicas das suas amostras.

Usando Ion TorrentTM e um software específico, disponibilizaremos dados de forma meticulosa e de alta qualidade. Os dados em bruto que se obtêm apresentam até um milhão de leituras de 200 bp com uma grande cobertura para cada uma das suas amostras.

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